Čezmejno sodelovanje med Slovenijo in Hrvaško je podprto že od leta 2003 iz več instrumentov EU, začenši s PHARE/ CARDS (2003), s trilateralnim sosedskim programom Slovenija – Madžarska – Hrvaška (2004-2006), in Instrumentom za predpristopno pomoč (IPA) čezmejnim programom (2007-2013). Upravne in izvedbene ureditve, uvedene v posameznem programskem obdobju, kot so skupni razpisi za zbiranje predlogov, skupni projekti in načelo vodilnega partnerja, so postopoma izboljšale pogoje sodelovanja, prispevale pa so tudi k odpravi nekaterih pomembnih ovir.
Cilj Interreg programa Slovenija-Hrvaška je ohranjena, odporna in povezana čezmejna regija, kjer je trajnostni razvoj glavno orodje za ekonomsko preživetje, varnost, zaščito biotske raznovrstnosti in socialno blaginjo vseh prebivalcev. Program predvideva vzajemno učenje in skupne ukrepe, ki vodijo k spremembam v vseh prednostnih nalogah, predvsem k ponovnemu čezmejnemu povezovanju, razumevanju trenutnih skupnih potreb in nevarnosti hitro spreminjajoče se realnosti ter sodelovanju za povečanje odpornosti in prilagodljivosti ljudi, organizacij in skupnosti, s čimer bo programsko območje postalo bolj zeleno in digitalno ter tako pripravljeno na prihodnost.